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Der Amazonas-Manati erreicht eine Körperlänge von 230 bis 280 Zentimeter sowie ein Gewicht von 360 bis 500 Kilogramm. Mit diesen Maßen ist der Amazonas-Manati deutlich kleiner als der Karibik-Manati. Männchen bleiben etwas kleiner und leichter als Weibchen. Die sehr dicke Haut ist gräulich bis graubraun gefärbt. Im Bereich der Brust zeigen sich weißliche und leicht rosafarbene Flecken. Jungtiere sind in der Regel etwas dunkler gefärbt. Der Kopf ist massig und setzt sich nur wenig vom Körper ab. Im Laufe der Evolution haben sich aus den Vorderbeinen kleine Flossen entwickelt. Die Schwanzflosse ist anders als bei den Dugongs nicht gegabelt, sondern gerundet. Daher zählt man den Amazonas-Manati zu den Rundschwanzseekühen. Der Kopf und das Rostrum sind vor allem durch eine sehr große, gespaltene Oberlippe geprägt mit denen Amazonas-Manatis am Gewässergrund grasen. Die äußeren Kanten der Oberlippe sind mit groben Borsten bedeckt. Das Maul ist insgesamt nach unten gerichtet. Die hinteren Prämolaren und Molaren weisen einen runden Querschnitt auf und sind ohne Zahnschmelz. Im vorderen Teil des Gaumens zeigen sich verknöcherte Hornplatten. Bei dieser Kopf-Maul-Konstruktion erstaunt es nicht, dass kein Nasenbein vorhanden ist. Die Augen liegen oberhalb der Nasenlöcher, weit hinten am Kopf und sind sehr klein. Der Magen der Amazonas-Manatis besteht trotz der pflanzlichen Nahrung nur aus einer Kammer. Daran anschließend folgen der Zwölffingerdarm und der sehr lange Darm, in dem auch die eigentliche Verdauung stattfindet.
Amazonas-Manatis leben in kleinen Gruppen von vier bis zehn Individuen, paarweise oder auch einzelgängerisch. Eher selten sind sie heute in größeren Gruppen anzutreffen. Meist weisen die Gruppen eine Stärke von fünf bis acht oder zehn Tieren auf. Aber abgesehen von einer starken Bindung zwischen den Kühen und ihren Kälbern gibt es innerhalb der Gruppen keine sonderlich soziale oder starke Bindung. Noch nicht geschlechtsreife Männchen leben meist in Junggesellenherden. Amazonas-Manatis leben im Flachwasser der Küstengebiete, in küstennahen Flussläufen und überfluteten Mangrovenwäldern. Die übliche Wassertiefe, in der sie sich bewegen, liegt bei bis zu fünf Metern. Amazonas-Manatis sind sesshafte Tiere, die kaum umherwandern. Auch jahreszeitliche Migrationen sind ihnen unbekannt. Kleine Wanderungen werden nur gezeitenabhängig und bei der Nahrungssuche unternommen. Amazonas-Manatis sind sowohl tag- als auch nachtaktiv, während der Ruhephasen schlafen sie an der Wasseroberfläche. Die Tauchgänge der Amazonas-Manatis beschränken sich auf kurze Tauchzeiten von allenfalls fünf Minuten. Sie bewegen sich nur langsam fort und benutzen den Schwanz als Antriebsorgan. Die durchschnittliche Geschwindigkeit im Wasser beträgt acht bis zehn km/h. Nur auf der Flucht können sie auch deutlich schneller schwimmen. Außer dem Menschen haben Amazonas-Manatis keine natürlichen Feinde.
Amazonas-Manati kommen ausschließlich im Amazonasbecken in Südamerika vor. Ihr Verbreitungsgebiet erstreckt sich über Brasilien, Kolumbien, Ecuador, Peru und Guyana. Die Tiere leben im Amazonas sowie dessen Zuflüsse wie dem Rio Negro und dem Madeira sowie in Seen und Altgewässern, die mit den Flüssen verbunden sind. Beliebte Habitate sind die Schwarzgewässer dieser Flüsse und küstennahe Lagunen. In Brack- und Salzwasser kommen Amazonas-Manatis nicht vor. Die Lebensräume zeichnen sich durch eine dichte Unterwasservegetation aus.
Der Amazonas-Manati ernährt sich hauptsächlich von Wasserpflanzen, die er mit seiner nach unten gerichteten Schnauze vom Gewässergrund abweidet. Mit der großen Oberlippe greifen die Tiere die Gräser und schneiden sie ab. Aufgrund des geringen Nährstoffgehaltes müssen Amazonas-Manatis bis zu acht Stunden am Tage fressen. Dabei nehmen sie täglich rund zehn Prozent ihres Körpergewichtes an Nahrung zu sich. Dies kann bei ausgewachsenen Tieren zwischen 30 und 50 Kilogramm sein. Die Backenzähne zermalen die Nahrung und wachsen ein Leben lang nach. Auf Nahrungssuche gehen die Tiere sowohl am Tage als auch in der Nacht.
Je nach Geschlecht erreicht der Amazonas-Manati die Geschlechtsreife zu unterschiedlichen Zeiten. Weibchen sind meist mit fünf Jahren Geschlechtsreif. Männchen erreichen die Geschlechtsreife meist erst mit rund zehn Jahren. Während der Paarungszeit kommt es unter den Bullen zu harmlosen Raufereien um das Paarungsrecht mit den Weibchen. In den tropischen Gewässern erstreckt sich die Paarungszeit über das ganze Jahr, jedoch sind zwischen Februar und April die meisten Geburten zu verzeichnen. Eine Kuh bringt nur alle drei bis vier Jahre ein Kalb zur Welt. Dies stellt eine sehr niedrige Reproduktionsrate dar. Nach einer Tragezeit von 390 bis 400 Tagen bringt eine Kuh ein Kalb zur Welt. Zwillingsgeburten sind sehr selten, sind aber bereits dokumentiert. Das Kalb weist eine Länge von 70 bis 80 Zentimeter sowie ein Gewicht von bis zu 15 Kilogramm auf.
Unmittelbar nach der Geburt drückt die Mutter ihr Junges an die Wasseroberfläche, damit es atmen kann. Die Zitzen liegen unterhalb der Brustflossen. Das Jungtier reitet meist auf dem Rücken der Mutter. Ab dem dritten oder vierten Lebensmonat nehmen die Jungtiere zusätzlich zur Muttermilch auch schon feste Nahrung zu sich. Die Säugezeit erstreckt sich in der Regel über maximal 18 Monate. Der Säugevorgang erfolgt unter Wasser. Die enge Bindung zwischen Kuh und Kalb ist die einzige soziale Bindung die Amazonas-Manatis kennen. Ein Kalb bleibt meist zwei Jahre bei der Mutter. Die Lebenserwartung ist nicht bekannt, sie dürfte aber deutlich über 30 Jahre liegen.
Der Amazonas-Manati gilt heute als gefährdet. Er wird in der Roten Liste der IUCN als gefährdet geführt. Das Washingtoner Artenschutzabkommen stellt die Tiere in Anhang I unter weltweitem Schutz. Ein Handel mit Tieren und Produkten aus den Tieren ist somit verboten.
Ursprünglich war der Amazonas-Manati im gesamten Amazonasbecken weit verbreitet und es waren große Herden anzutreffen. Durch die übermäßig starke Bejagung sind die Populationen heute weitestgehend an den Rand der Ausrottung gebracht worden. Die Tiere wurden wegen ihres Fleisches und ihrer Haut gejagt. Die Haut wurde zu Leder verarbeitet. Heute haben Amazonas-Manatis mit anderen Gefährdungen zu kämpfen. Viele Seekühe kommen durch ausgelegt Fischernetze ums Leben, da sich sie darin verfangen und qualvoll ersticken. Aber auch die Abholzung der Regenwälder mit der einhergehenden Verschmutzung der Gewässer setzt den Tieren stark zu. In weiten Bereichen des Amazonasbeckens wird heute Gold abgebaut und die quecksilberhaltigen Abwässer gelangen ungeklärt in die Flüsse. Nicht selten kommt es auch zu tödlichen Zusammenstößen mit Motorbooten, die den Seekühen mit den Schrauben den Rückenaufschlitzen und so zum Teil tödliche Verletzungen zufügen.